Η Ε.Ε.Ε.Π. για την πληρέστερη διοίκηση του σχεδιασμού, της υλοποίησης και της αποτίμησης του έργου της, καταρτίζει και θέτει σε εφαρμογή τριετή Σχέδια Δράσης.

Με τον τρόπο αυτό, η Αρχή αναλαμβάνει εκ των προτέρων τη δέσμευση να υλοποιήσει συγκεκριμένο και προσχεδιασμένο έργο, ώστε με βάση αυτό να κρίνεται απολογιστικά ως προς την αποτελεσματικότητά της.

Το πρώτο Σχέδιο Δράσης που υιοθετήθηκε από την Αρχή με τη με αριθμό 46/6/5.04.2013 απόφασή της, είχε περίοδο αναφοράς την τριετία 2013-2015.

Με τη με αριθμό 203/2/26.04.2016 απόφαση της Ε.Ε.Ε.Π. εγκρίθηκε το Σχέδιο Δράσης για την περίοδο 2016-2018.